Особняком в этой своеобразной классификации стоит военная версия пассажирского самолёта Як-40 – Як-40ДТС (десантно-транспортно-санитарный), созданная в 1971 году. Она предназначена для перевозки 2.5 тонн груза, либо 26 солдат с личным оружием, либо 26 сидячих, либо 18 носилочных раненых в сопровождении двух медработников. Кроме того, имелась возможность десантировать до 20 парашютистов и штатные грузы (по одному грузу в каждом заходе на десантирование).

В состав оборудования самолёта, кроме прочего, вошли десантные сидения  для размещения десантников, узлы крепления санитарных стоек, тросы принудительного раскрытия парашютов. Также была изменена конструкция кислородной системы.

Всего было в вариант, позволяющий выполнять его конвертацию, переоборудовано две машины, первая из них проходили испытания в ГК НИИ ВВС с июня по сентябрь 1970 года. По их итогам отмечено, что самолёт в основном удовлетворяет требованиям, предъявляемым к нему, а переоборудование Як-40ДТС из пассажирского в спецвариант занимает в аэродромных условиях 5 рабочих смен бригады из шести человек.

В последующем ОКБ провело работу по устранению указанных недостатков, и в 1972 году представило самолёт на испытания. Предполагалось, что выпуск самолётов, которые можно будет переоборудовать в один из спецвариантов, будет налажен в 1973 году, однако этого так и не произошло.