В настоящее время у российских силовиков в эсплуатации находятся два Ил-96-400: один  с ноября 2015 года летает в авиации ФСБ в качестве ВзПУ, а второй в июле 2016 года передали МО России в "салонном" варианте.

Кроме того, в 2015 году заключён контракт на поставку МО России двух топливозаправщиков Ил-96-400ТЗ, которые переоборудуют из пассажирских машин.Самолёт будет способен передавать до 65 тонн топлива на дальностях до 3500 км от места взлёта. С этой целью машину дооборудуют УПАЗами. Ряд источников сообщает о том, что в дополнение к этим машинам могут быть построены и ещё две. В этот раз новые, а не переоборудованные.